日本缶詰協会は、社団法人で、民法（第34条）に基づいて設立された公益法人の団体です。その運営は会員の意志によって民主的に行われています。 最高の決議機関は総会で、原則として年1回（別に必要に応じて臨時総会）開催されます。この総会においては年間の事業計画（活動方針）や予算が決定され、事業報告と決算が審議されます。また、会員の代表である理事、監事が2年ごとに選出され、理事会を構成します。 さらに、会長の諮問機関として業界有識者により問題別に業界政策を検討する委員会が設けられており、また業界の経験豊富な方々を中心に顧問を委嘱し顧問会が構成されて、それぞれ運営に参画しています。なおまた、特定品種については、部会制度を設けています。 これらの事業運営を円滑に実行していくよう、内部機構は、4部（所）制により、常勤役員の下に業務を処理し、事業を実施しています。

運営組織

会長 　五十嵐 勇二 （いがらし ゆうじ） 株式会社マルハニチロホールディングス　取締役会長    　 　 副会長 　喜岡 浩二 （きおか こうじ） カゴメ株式会社　代表取締役会長  　鈴木 豊 （すずき ゆたか） キユーピー株式会社　代表取締役社長 　溝口 康博 （みぞぐち やすひろ） はごろもフーズ株式会社　代表取締役社長 　小瀬 �ﾑ （おぜ あきら） ハウス食品株式会社 代表取締役会長    　 　 専務理事 　沼尻 光治 （ぬまじり こうじ） 　 　 　 　 常務理事 　駒木 勝 （こまき まさる） 　    　 　 選任：平成22年5月24日　　就任：平成22年5月25日

内部機構

総務部 庶務、会計、会員事務、器具斡旋等 業務部 税制金融、調査統計、缶詰時報の刊行等、缶詰等の普及啓発活動 技術部 規格表示、食品衛生、技術講習会等 研究所 食品化学研究室 食品化学分野の研究、試験、調査等 食品微生物学研究室 食品微生物学分野の研究、試験、調査等 食品工学研究室 食品工学分野の研究、試験、調査、 インターネットによる情報管理等